Los alrededores de la ciudad ofrecen gran diversidad climática, desde las nieves del Nevado del Ruiz con sus paisajes de páramo y aguas termales, hasta los centros recreacionales del valle de Santágueda, con paisajes de clima cálido, variada vegetación, ríos y quebradas. Junto con pueblos y veredas de la región de características muy particulares. Una particularidad única de Manizales es que posee 8 microclimas dentro de su zona urbana. La temperatura promedio de la ciudad es 18°C (64°F).

Debido a su situación geográfica, la ciudad es bastante lluviosa, lo cual favorece la vegetación de bosque húmedo trópical. El clima en la zona cafetera y por lo tanto en Caldas, Risaralda y Quindío, es bimodal. Las dos temporadas anuales de verano se inician con los solsticios el 22 de Junio y 21 de Diciembre, y las dos de invierno con los equinoccios el 21 de Marzo y 22 de Septiembre. En caso de “El Niño”, las temporadas de invierno y verano resultan más secas y abundantes los huracanes ven el Caribe, y en caso de “La Niña”, ambas temporadas resultan más húmedas y con menor número de huracanes transitando por el mar al norte de Colombia.

A pesar de ser una ciudad lluviosa, el cambio climático ha causado que la temperatura de la ciudad aumente progresivamente. Hoy se observa que la extensión del glaciar del nevado del Ruiz, que en 1979 alcanzaba los 20 km cuadrados, se ha reducido a la mitad después 25 años.